6×6數獨是標準9×9的縮小版。使用數字1-6，每行每列各一次。宮格形狀是2×3（寬2高3），每宮填入1-6各一次。
6×6只有6個數字，推理路徑更短。因為宮格是2×3矩形，一些標準技巧（如X-Wing）需要適應不同形狀。
適合想從4×4過渡到9×9的玩家，也適合想要快速完成一局的玩家。
標準的數獨技巧（唯一候選、隱性唯一、數對等）全都適用。因為數字少，許多技巧更容易發現。