6×6数独是标准9×9的缩小版。使用数字1-6，每行每列各一次。宫格形状是2×3（宽2高3），每宫填入1-6各一次。
6×6只有6个数字，推理路径更短。但因为宫格是2×3矩形，一些标准技巧（如X-Wing）需要适应不同形状。
适合想从4×4过渡到9×9的玩家，也适合想要快速完成一局的玩家。
标准的数独技巧（唯一候选、隐性唯一、数对等）全都适用。因为数字少，许多技巧更容易发现。